万物を呑み込み同化する暗黒の絶対虚無「デッドマター」。ここ「結倭ノ国（ゆわのくに）」に、デッドマターの脅威に敢然と立ち向かう者たちがいた。元素の力を宿す「志献官（しけんかん）」である。志献官（しけんかん）が集う、国家防衛局舎密（せいみ）防衛本部の門を叩いた源 朔、十二歳。特別な想いを胸に入寮した朔は、同室の幼馴染・浮石 三宙と共に、デッドマターと戦うことができる志献官（しけんかん）の上位階級「純」の位を目指す――。ゲーム『結合男子』の前日譚となる、媒人（プレイヤー）が現れる前の在りし日々を描いた･･･